Nació en el ingenio Atrevido, en la parroquia de Alacranes (actual Unión de Reyes), perteneciente a la provincia de Matanzas, el 22 de julio de 1847.
Cursó sus primeros estudios en una escuela rural en la misma provincia y a los 13 años se trasladó hacia La Habana, para estudiar la segunda enseñanza en el colegio Belén.
Matriculó Medicina en la Real y Literaria Universidad de San Gerónimo de La Habana en el curso 1865-1866, pero los concluyó en el Colegio de Medicina de San Carlos, Madrid, en 1872. En la capital española conoció y entabló amistad con el desterrado polÃtico y también estudiante José Martà Pérez.
Inmediatamente después de graduado pasó a entrenarse como cirujano oftalmólogo en ParÃs, hasta 1875. En marzo de ese año, hallándose aún en Francia, fue electo miembro corresponsal de la Real Academia de Ciencias Médicas, FÃsicas y Naturales de La Habana. En Francia llegó a ser, por sus méritos, el primer ayudante de Javier Galessowski, el más notable especialista de aquella época y a quien en 1879 dedicó la memoria titulada ClÃnica de las enfermedades de los ojos.
Ejerció por primera vez como oftalmólogo en Castillo de Bayuela, provincia de Toledo, España, donde operó en muy poco tiempo más de 200 pacientes con cataratas. Los resultados y experiencias obtenidas las registró en un documento al cual tituló «Memorias clÃnicas» y que le sirvió para su nombramiento de socio corresponsal de la Real Academia de Ciencias Médicas, FÃsicas y Naturales de La Habana.
Su labor asistencial fue intensa y mantuvo la costumbre de anotar los nombres y confeccionar la historia clÃnica de todos sus pacientes. Atendió cerca de 63 500 casos en los 50 años que ejerció la profesión; entre ellos, a José Martà  y a su madre, Leonor Pérez. Por ello, el Maestro le envió una carta de agradecimiento el 18 de noviembre de 1894.
En la historia clÃnica de MartÃ, en la visita realizada el 22 de enero de 1877, consta el diagnóstico de «conjuntivitis catarral crónica en ambos ojos» y «flictena conjuntival en el ojo derecho».
En la historia clÃnica de Leonor Pérez aparece registrado que operó de cataratas su ojo derecho, el 14 de septiembre de 1896, y el izquierdo, el 13 de febrero de 1904.
Desde su regreso a la patria instaló una consulta de oftalmologÃa, que en poco tiempo le permitió ganar el respeto y la admiración, no solo de sus pacientes, sino también de todos los médicos y personalidades que lo conocieron, llegando a convertirse en toda una autoridad. Obtuvo una reputación que traspasó las fronteras cubanas y se extendió por todos los paÃses civilizados de su tiempo, al punto de llegar a ser el especialista de enfermedades de los ojos de más relieve en todos los dominios de la colonia española, incluida la propia España; a la vez que el más conocido en el extranjero durante la segunda mitad del siglo XIX.
En 1887 creó el Laboratorio HistoquÃmico Bacteriológico e Instituto de Vacunación Antirrábica de La Habana, tomando como modelo el laboratorio de Luis Pasteur en ParÃs. Probablemente, ese fue el primer laboratorio de esas caracterÃsticas fundado en América.
Para garantizar el rigor cientÃfico en esa institución, Fernández comisionó a los médicos cubanos Diego Tamayo, Francisco I. Vildósola y Pedro Albarrán para que realizaran una estancia en el laboratorio de Pasteur, en ParÃs, y además financió, con sus propios recursos, el equipamiento y funcionamiento del laboratorio habanero, donde se obtuvo, por primera vez en América Latina, el suero antirrábico, el mismo año de su fundación y el suero antidiftérico, antes de transcurrir una década de su establecimiento (1894-1895).
Su vida profesional no estuvo aislada de diversos compromisos, tanto en el área médica en particular, como en el contexto cientÃfico y cultural en general. Participó activamente en diversas instituciones sociales y cientÃficas, como el hecho de haber sido vocal de la Junta Superior de Instrucción Pública de la Isla de Cuba, en 1881; fundador de la Liga contra la Tuberculosis de Cuba, en 1901; creador del Comité de la Prensa Médica, en 1903, de la cual fue su primer presidente; Presidente de Honor del Primer Congreso Médico Nacional, en 1905; socio fundador de la Sociedad de Medicina Tropical de la República de Cuba, en 1908, y presidente del Primer Congreso de la Prensa Médica, en 1911.
En el mismo año de su regreso a Cuba (1875), luego de terminar sus estudios de especialización en cirugÃa oftalmológica en ParÃs, cuando todavÃa no habÃa cumplido los 28 años de edad, fundó la revista Crónica Médico Quirúrgica de La Habana, que llegó a alcanzar prestigio internacional y se publicó hasta 1940. En el trabajo de esta revista, durante los 66 años que circuló, logró reunir un grupo importante de médicos cubanos que publicaron sus experiencias clÃnicas y aportes en el campo de la cirugÃa, incluidas novedosas técnicas quirúrgicas.
La Revista Crónica Médico Quirúrgica de La Habana, por su contenido, presentación y formato, ganó premios en exposiciones internacionales celebradas en las ciudades de Amsterdam en 1883, ParÃs en 1900, Buffalo en 1901, Charleston en 1902 y Saint Louis en 1904. Él mismo fue autor de un gran número de artÃculos e informes cientÃficos, principalmente sobre oftalmologÃa, pero también sobre el muermo, la tuberculosis y la fiebre amarilla, entre otras enfermedades. Su bibliografÃa activa incluÃa, en 1916, 928 tÃtulos.
De miembro corresponsal de la Academia de Ciencias Médicas FÃsicas y Naturales de La Habana, que era desde el 14 de marzo de 1875, cuando estudiaba la especialidad oftalmológica en ParÃs, pasó a miembro numerario, en diciembre del mismo año.
En 1877, propició la fundación de la Sociedad Antropológica de la Isla de Cuba. En 1893 fue designado para representar a la Academia en el Primer Congreso Médico Panamericano, que tuvo lugar en Washington y tres años más tarde es nuevamente elegido para representar a la Academia en el Segundo Congreso Médico Panamericano, celebrado en Ciudad de México.
En 1897 alcanzó la distinción de Miembro de Mérito de la Academia y, en dos oportunidades, entre los años 1897-1899 y 1901-1922, resultó electo presidente de la referida institución. Como presidente de la Academia le correspondió devolver al saliente gobernador hispano las insignias españolas (bandera, escudo) que hasta entonces habÃan presidido la sala de reuniones de la Academia. Para ello se escogió el 27 de noviembre de 1898, aniversario del fusilamiento de los estudiantes de Medicina.
Por el prestigio alcanzado como médico-cirujano oftalmólogo, fue admitido en 1899 como colaborador de Annals of Ophtalmology, de Chicago; en 1906, como socio fundador de la Sociedad de OftalmologÃa Hispanoamericana con sede en Madrid; en 1907, vocal del Comité Ejecutivo en La Habana del XVI Congreso Internacional de Medicina, que tuvo lugar en Budapest; en 1916, Miembro de Honor de la Sociedad Oftalmológica de Filadelfia, y en 1921, miembro corresponsal de la Sociedad Médico-Quirúrgica de Amazonas, en Brasil.
Falleció en La Habana el 6 de agosto de 1922, a los 75 años de edad. Su deceso fue una gran pérdida para la nación cubana, de la cual se hicieron eco tanto la prensa nacional como extranjera.
Fuente: En CaribeDisponible en: http://www.encaribe.org/es/article/juan-santos-fernandez-hernandez/1487